為貫徹落實《深化黨和國家機構改革方案》《農業農村部職能配置、機構設置和人員編制規定》要求和中央編辦有關批復精神，切實履行好黨中央國務院賦予農業農村部的統籌管理農業投資職責，2018年11月，農業農村部黨組決定，在原農業部工程建設服務中心基礎上，整合機構改革中原國土資源部、水利部劃入農業農村部的有關職責、編制及人員，組建農業農村部工程建設服務中心（以下簡稱中心），業務歸口計劃財務司。 

中心的主要職責是：承擔農業農村投資項目規劃、項目建議書、可行性研究報告、實施方案等評審工作，承擔農業農村投資項目實施情況運行監測、績效評價、統計分析等工作，承辦農業農村投資項目定額標準編制，提供農業農村重大投資項目建設咨詢服務，組織開展農業系統勘察設計、建設監理、工程咨詢、工程造價等單位與個人執業資格的有關管理工作等。 

中心機構規格正局級，核定編制55名，目前在編48人，其中，博士研究生4人，碩士研究生24人；具有正高級專業技術職務任職資格7人，副高級專業技術職務任職資格30人。中心具有工程咨詢單位甲級資信證書（農業、林業，建筑），擁有注冊咨詢工程師14人、注冊造價工程師4人。 

整合組建一年來，受農業農村部相關司局委托，中心組織對3500個農業投資項目進行了績效評價和運行監測，評審農業投資項目1000余個。咨詢成果獲得全國優秀工程咨詢一、二等獎。